GenPro_create_db.pl potentially has issue #4
Description
for ((i=1;i<27;i++)); do GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx & done
###...some time later
[1] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[2] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[3] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[4] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[5] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[6] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[7] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[8] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[9] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[10] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[11] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[12] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[13] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[14] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[15] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[16] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[17] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[18] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[19] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[20] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[21] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[22] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[23] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[24] Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[25]- Exit 1 GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
[26]+ Done GenPro_create_db.pl -g hg38 -c $i --genedir hg38/gene --geneset refGene -f hg38/chr -o hg38/idx
Not sure yet why we are looking for 26 chromosomes instead of 25.
#25 seems to exit improperly
Exit code 1 General errors, Miscellaneous errors, such as "divide by zero" and other impermissible operations