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Ciao Simone,
come potrai leggere online ad ogni repository Github dovrebbe corrispondere un unico progetto. Quindi non è consigliato inserire all'interno dello stesso repository 2 cartelle con all'interno 2 diversi progetti (uno in python e l'altro in Java). Anche perchè poi ci sono strumenti come la CI (Continuous Integration) che permettono di validare il codice ogni volta che viene committato e pushato sul server e se ci sono sotto cartelle non funziona.
Quindi il consiglio è di:
- rinominare questo repository in "ModbusSimulatorClient"
- spostare il contenuto della cartella Client/Client all'interno della directory principale
- creare un nuovo repository che potresti chiamare "ModbusSimulatorServer"
- caricare sul nuovo repository il contenuto della cartella "Server"
- eliminare da questo repo la cartella Server
- aggiornare i file README dei 2 repository per spiegare che sono collegati e lasciando la spiegazione di come metter su l'intero sistema in entrambi
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