При выборке данных из нескольких инфоблоков, при наличии в них свойств с одинаковым символьным кодом, результат выборки будет непредсказуемым. Нужно каким-то образом обработать эту ситуацию. Надо понимать, что одноименные свойства могут быть как одного типа, так и разных (множественные и нет, ИБ 2.0 и нет). В идеале - для каждого элемента в выборке должно присутствовать свойство именно его инфоблока с корректным значением нужного типа.