Arrange Directories to General Python Package Model

ディレクトリ構成をPythonの一般的なパッケージやモジュールの構成に合わせて変更する。
https://rinatz.github.io/python-book/ch04-07-project-structures/
https://zenn.dev/kotai/articles/49bd8b550fefca
https://qiita.com/flcn-x/items/c866eec8824a3cd70fa8